Действие разворачивается спустя год после масштабной битвы Годзиллы с Механической Годзиллой, чьи поврежденные останки хранятся в специальном закрытом хранилище на территории Японии. Внезапно появляется новое предупреждение от легендарной Мотры, которая традиционно выступает защитницей природы и заклятым врагом Годзиллы: японские власти должны вернуть океану абсолютно все останки первого...
